Nachdem Buxtehude im Hohen Mittelalter als Hansestadt ihre Blütezeit erlebte, behielt sie weiterhin ihren wichtigen Stand innerhalb des Fährverkehres, im Mittelpunkt standen dabei vor allem Viehtransporte. Vorwiegend wurden Ochsen über die Elbe gesetzt, jährlich bis zu 30 000 Tiere. Der sich daraufhin etablierende Wohlstand fand jedoch durch den Beginn des 30-jährigen Krieges ein jähes Ende. Den mehrfach wechselnden Besatzungen folgte die Pest in den Jahren 1625, 1627 und 1628, so dass die Bevölkerungszahlen rasch sanken, die Schifffahrt sich während der schwedischen Herrschaft von 1645 bis 1712 um ein Drittel reduzierte und die einst wichtige Handelsstand an Bedeutung verlor.
Die schwedische Besatzung fand durch den Schwedisch-Brandenburgischen Krieg von 1675 bis 1676 ein Ende, doch davon konnte Buxtehude nicht profitieren, da es im Bremen-Verdener Feldzug von der antischwedischen Koalition, die neben Brandenburg-Preußen, Lüneburg und Münster auch Dänemark und das Herzogtum Bremen-Verden umfasste, eingenommen wurde.
Buxtehude blieb somit in der Hand der Alliierten und konnte seine Eigenständigkeit nicht wieder zurückgewinnen. 1679 beendete der Frieden von Saint-Germain den Schwedisch-Brandenburgischen Krieg. Als Ergebnis des Vertrages musste Buxtehude vom Kurfürsten Friedrich Wilhelm von Vorpommern wieder den Schweden überlassen werden, denen Buxtehude bis 1712 unterstand.
Auch wenn die Schifffahrt während diesen Jahren gelitten hatte, wurde ihr dennoch weiterhin nachgegangen. Dies geschah nicht nur hinsichtlich von Viehtransporten, sondern auch in der Hochschifffahrt waren Buxtehuder Schiffe auf der Handelsroute Hamburg-Archangelsk-Italien-Hamburg unterwegs. Der Niedergang des Rinderhandels sowie der nun favorisierte Elbübergang bei Harbor zogen jedoch im 18. Jahrhundert wieder einen Bevölkerungsrückgang und ein Ende der Buxtehuder Schifffahrt nach sich.